高級管理層

本署的高級管理層以署長為首，並由一位副署長及4位助理署長組成，負責制定重大決策和監督部門日常運作，並制定和檢討本署的可持續發展策略及目標。成員包括：

組織架構

本署設有4個分科，包括污水處理服務科、操作維修科、設計拓展科及機電工程科，下設15個不同功能的分部。此外，總部另設部門行政部、財務及物料供應部及技術支援部，分別負責行政、會計及技術支援工作。截至2019年3月，編制有1,986個常額職位。

4個分科各由一位助理署長領導，負責提供所屬範疇的技術及專業支援服務。各分科的職責如下：

設計拓展科

負責實施基本工程項目，包括設計及建造雨水渠、防洪及排洪工程、污水收集系統及污水處理設施。

操作維修科

負責全港雨水排放及污水收集系統的操作和維修、防洪、策劃雨水排放及污水收集系統、執行《土地排水條例》，以及管理和保養人工排水道。

機電工程科

負責污水處理及防洪設施的運作及維修，以及為部門轄下的污水處理及防洪項目提供機電設計和裝置。

污水處理服務科

負責推展包括淨化海港計劃等污水處理及收集系統和工程及徵收排污費。