高级管理层

本署的高级管理层以署长为首，并由一位副署长及4位助理署长组成，负责制定重大决策和监督部门日常运作，并制定和检讨本署的可持续发展策略及目标。成员包括：

组织架构

本署设有4个分科，包括污水处理服务科、操作维修科、设计拓展科及机电工程科，下设15个不同功能的分部。此外，总部另设部门行政部、财务及物料供应部及技术支持部，分别负责行政、会计及技术支持工作。截至2019年3月，编制有1,986个常额职位。

4个分科各由一位助理署长领导，负责提供所属范畴的技术及专业支持服务。各分科的职责如下：

设计拓展科

负责实施基本工程项目，包括设计及建造雨水渠、防洪及排洪工程、污水收集系统及污水处理设施。

操作维修科

负责全港雨水排放及污水收集系统的操作和维修、防洪、策划雨水排放及污水收集系统、执行《土地排水条例》，以及管理和保养人工排水道。

机电工程科

负责污水处理及防洪设施的运作及维修，以及为部门辖下的污水处理及防洪项目提供机电设计和装置。

污水处理服务科

负责推展包括净化海港计划等污水处理及收集系统和工程及征收排污费。