在2008年，我們負責操作遍及全港的67座污水處理廠(詳情見網頁www.dsd.gov.hk)，這些污水處理廠的處理級別各不相同。污水的處理級別主要視乎污水排放的地點，原因是本港不同的水體會有不同的廢物吸收能力和用途。污水處理廠處理污水時清除的主要污染物，包括有通常以生化需氧量來表達的有機物和懸浮固體。在某些地區，污水處理廠需要清除助長水生植物生長的營養物(例如氮)，以防止紅潮出現。在2008年，我們的污水處理廠共清除了約114 000公噸生化需氧量、144 000公噸懸浮固體和 4 900公噸氮。

從污水中所清除的污染物，每天產生810公噸脫水污泥，或相等於全年約30萬公噸脫水污泥。污泥在運往堆填區棄置前會先進行脫水，以縮減其體積，藉此減省所需的堆填區空間，從而有助延長堆填區的使用期。除了污泥外，污水處理程序進行時也會清除篩除物和砂礫。在2008年，我們共棄置約16 000立方米篩除物和6 800立方米砂礫。

渠務署為了改善受納水體(尤其是維多利亞港)的細菌含量，在2008年4月開始建造大型消毒設施，以便處理昂船洲污水處理廠每天排放的170萬立方米排放水。我們預計該設施會在2009年年底完成，將會有助改善荃灣區的水質。