重置後的西貢污水處理廠因為位處於岩洞內，氣味的源頭將會被岩洞這天然屏障所覆蓋，從而減低氣味對附近社區的影響。
然而，研究顧問亦會進行氣味影響評估以了解現時西貢污水處理廠及重置後的污水處理廠在氣味上對附近社區的影響，以作比較之用，從而分析重置後的西貢污水處理廠會否為附近社區帶來氣味問題，以及建議適當的氣味控制措施。
