重置后的西贡污水处理厂因为位处于岩洞内，气味的源头将会被岩洞这天然屏障所覆盖，从而减低气味对附近社区的影响。
然而，研究顾问亦会进行气味影响评估以了解现时西贡污水处理厂及重置后的污水处理厂在气味上对附近社区的影响，以作比较之用，从而分析重置后的西贡污水处理厂会否为附近社区带来气味问题，以及建议适当的气味控制措施。
