创新技术
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截流
截流是崭新的市区防洪策略，从源头着手，建造雨水排放隧道，提供一道隐形屏障把市区腹地的雨水于半山截流，绕过稠密的下游市区，直接排放出海。
隧道钻挖一机两用
由于 “分支隧道”位于石层而“主隧道”位于填海区，传统上这两段隧道需以两台不同设计的隧道钻挖机进行钻挖。考虑到建造一台隧道钻挖机所需的大量资源，工程团隧积极创新，构建香港首部「全方位」隧道钻挖机“大长今”，以其独特设计，先后顺利在坚石中完成分支隧道，和在软土间以高压技术建成主隧道，过程中虽与周边桩柱地基和铁路只有咫尺之隔，仍达到对一切设施「零影响」, 并依期完成工程，省却多制造一部隧道钻挖机约一亿港元的成本和所需的资源，成功地将两段隧道地质迥异的局限，以一个合符可持续发展方针的方案解决。
高压隧道建造
主隧道位於市區填海範圍地下45米深處，地質為泥石夾雜或軟土層。為確保施工不會對緊貼周邊的各項設施和地基構成影響，隧道鑽挖機的前端需要加壓，以防止地下水及泥土流失。鑽挖機的鑽挖刀頭需定期更換和維護，有關人員須在高達4.2倍大氣壓力的壓縮空氣環境下工作。這麼高的氣壓，在香港的隧道建造工程屬首次應用。工程團隊特聘海外醫學專家，制定了詳盡仔細的施工守則，嚴密監控施工過程，並為員工全面監察身體狀況，確保施工安全。
工程聘用了55位高壓操作員工，進行了數百次壓縮空氣工序，並無任何減壓病個案發生，安全貭量優於海外同類高壓隧道工程。這項工程為香港的隧道建造引進了新的高壓施工技術，為隨後開展的各項高壓隧道工程奠下良好技術基礎。
主隧道須在近距離內穿越稠密的基建，包括四條營運中的鐵路，高鐵線，及多條高架公路的樁柱地基。