經昂船洲污水處理廠處理後的污水會由一條直徑5米、長1.7公里、途經北航道下100米深地底的隧道，排放至昂船洲西南面對開的水域。它經兩條直徑3.25米的垂直管道，連接至一條長1.2公里橫放於海床的擴散器管道。經處理後的污水會利用擴散器管道上的24個擴散器排入海水稀釋。
