消毒
污水經過沉澱後會送到分流間室，經加氯程序 (加入次氯酸鈉)，然後進入排放水隧道進行消毒處理，以消滅污水中99%細菌。經消毒後的污水會於15A室進行除氯程序，加入亞硫酸氫鈉，以消除污水中的余氯，才排放到昂船洲西南面水域。
在為前期消毒設施進行環境影響評估研究時，我們審視了可用於水和廢水消毒的各種消毒技術(包括一些新興科技)，並已進行仔細的評估工作，為「凈化海港計劃」選取最合適的消毒技術。我們亦檢視了本地和國際採用的消毒方法。該研究的結論是,鑒於在時間、土地和規劃多方面的限制，利用次氯酸鈉溶液的加氯方法是「凈化海港計劃」最合適的消毒技術。
為了儘快為現有昂船洲污水處理廠提供消毒處理，以助早日重開已關閉的荃灣泳灘，我們提前建造及啟用部分消毒設施。前期消毒設施已於2010年3月啟用後現正運作良好。為了配合昂船洲污水處理廠處理提升了的污水處理量，最終的消毒設施將於2016年1月啟用，並增加氯氣與污水的接觸時間，提升消毒過程的效率。
