香港大部分地區已有適當的防洪保護，只是新界北部的天然洪氾平原和低窪地方仍會發生水浸。而且，一些如西九龍的舊區，由於多年前建造的系統排水能力不足，亦經常發生水浸。
為了解決水浸問題，渠務署在新界進行一系列總值達一百億元的河道治理和鄉村防洪抽水站工程，並在西九龍實施造價三十七億元的市區雨水排放系統改善工程，以大幅度提高這些地區的排洪能力。自一九九七年，我們在新界北部地區完成約55公里的河道工程，並有24個鄉村防洪抽水計劃在運作當中，大大紓緩了新界北及新界西北的水浸情況。自一九九五年，我們在市區及郊區地方共消除了82個水浸黑點。
二○○四至○五年內發生的水浸事件
二○○四年全年共錄得約1 739毫米的雨量紀錄，比平均2 214毫米的降雨量低約21%。年內，黃色暴雨警告信號共懸掛過16次。而紅色及黑色暴雨警告信號，只在二○○四年五月八日大雨當日早上各懸掛過一次，並影響九龍半島西面地區。我們接獲旺角及深水埗低窪地方的水浸報告，其時，西九龍雨水排放系統改善計劃尚未完成。除此以外，沒有在其他地方發生嚴重水浸事件。
隨著改善工程第一及二期相繼於二○○三年及 二○○四年大致完成，西九龍水浸問題已陸續得到改善。尤其是於二○○四年年底，「大坑東地下蓄洪池」及「啟德雨水轉運計劃」工程的完成，更是渠務署在解決西九龍地區水浸的重要成就。
二○○四至○五年度的進展
總值約二十億元的防洪工程終於大致上完成。這些工程包括元朗橫洲村的一個鄉村防洪抽水計劃、牛潭尾一段2.3公里長的排水道、西九龍共23公里長的雨水渠、大坑東一個容量達十萬立方米的蓄洪池，以及由窩打老道至啟德明渠的一條1.42公里長的雨水隧道。
為進一步解決水浸問題，政府現正積極進行一系列的大型雨水排放改善工程，以提高全港的防洪水平。建造中的工程包括在新界造價二十二億元，以及在西九龍造價約七億元的工程。此外，在新界、西九龍和其他易受水浸地區（例如東九龍、荃灣、港島北部），另有造價六十三億元的雨水排放系統改善工程，正於策劃或設計階段。這些主要雨水排放系統改善工程計劃詳載於附錄A，而工程計劃的施工地點則載於附錄B。
減少水浸黑點
本署自一九九四年已找到超過一百個水浸黑點。這些黑點全部在我們嚴密的監察之下，而我們亦已採取改善措施以消除或減低水浸的風險。去年，我們已成功消除了10個水浸黑點。
市區的防洪工作
市區的防洪工程主要包括改善雨水排放網絡，以便有效率地收集和輸送雨水。在特別情況下，我們會利用創新的方法例如蓄洪池、抽水站或把洪水分流的方式，以縮減那些可能對交通造成滋擾或與地下公用設施相阻的工程範圍。
在九龍市區，「西九龍雨水排放改善工程計劃」第1及第2階段的工程已分別於二○○三年六月及 二○○四年十二月竣工。當中包括為油麻地、旺角、九龍塘、深水埗和荔枝角建造約33公里的雨水渠，和建造大坑東地下蓄洪池及由九龍塘至啟德明渠的雨水轉運隧道。而於第3階段，建造約12公里雨水渠的工程現正進行中，並預計於二○○七年完成。我們現時亦正著手策劃在荔枝角建造雨水轉運計劃，原因是該區一帶受到上游的地面徑流，以及九龍區水塘潛在溢流所造成的水浸風險影響。
我們亦就港島北部和東九龍易受水浸地區策劃造價26億元的雨水排放改善工程。為減少挖掘渠坑對這些地方的居民及道路交通的滋擾，我們計劃建造雨水排放隧道，把雨水從半山引到別的地方，以紓緩現時排水量不足的市區排水系統的壓力。
新界的防洪工作
新界的防洪工程大致可分為兩大類：計有興建排水道收集和輸送洪水入大海，以及建造鄉村防洪抽水計劃，以保護低窪地區的村落。
隨著近年若干排水道完成，新界的水浸情況，特別是新界北部的羅湖、河上鄉、燕崗和天平山，以及新界西北的天水圍、元朗和錦田的水浸情況已有顯著改善。以往狹窄多彎的天然河道一旦出現泛濫，新界的洪氾平原便不時會出現水深1至1.5米的水浸。現時在這些易受水浸地區成千上萬的居民已得以免受水浸的威脅。
至於在洪氾平原內的低窪村落，我們已完成了24個鄉村防洪抽水計劃，使31條村落免受水浸威脅。現時居於超過240公頃低窪地區村落的3萬居民已受到保護。
在新界北部，治理深圳河計劃第3階段工程及平原河修復計劃進展順利。當這兩項雨水排放改善工程在二○○六年完成後，新界北部最後的一個嚴重性水浸黑點老鼠嶺的水浸情況將可大為改善。
在新界西北，元朗排水繞道和新田東主排水道，以及大橋、水邊村及米埔老圍／米埔新村的三個鄉村防洪抽水計劃的建造工程均進展順利。
我們現正著手策劃在屯門、沙田、大埔、荃灣及大嶼山等地區的排水系統的改善工程。
新系統為雨季作更好的準備
為了監測水浸情況及為排水系統水力模型提供數據資料，渠務署建立了一套洪氾監測系統。在這系統下，全港各區的河流及渠道設置了超過60個全自動水位測量站，全天候地不斷監察即時的水位情況和收集雨量及潮汐等水文資料。現時大部分的水位測量站已利用超聲波測量儀精確地量度河道水位，並即時把資料傳送至渠務署的控制中心。利用這些即時的水位數據、視像動畫及測量站操作狀況資料，在控制中心當值的同事可分析洪水的趨勢，並在有需要時通知包括警方及消防處等有關應急部門，動員各項應急的防洪措施。
渠務署在二○○二年透過與香港大學合作，引入一套名為MOSAIC II (Mobile Online Surveillance and Incident Controller, 流動線上監測及事故控制系統) 的遙測控制系統，把無線數據傳輸及控制技術應用於渠務署的洪氾監測系統及水位監測站。這個新的系統採用了GPRS (General Packet Radio Service通用分組無線通訊服務)的數據傳輸技術，把水文資料、數碼照片及監測站操作數據加密，以比一般GSM流動電話快8倍的傳輸速度，傳送回渠務署的控制中心，在當時來說算是亞洲及太平洋地區中的先行者。部分測量站更以太陽能電池驅動以利用可再生能源，並減低測量站的建造及運作成本。此外，渠務署在一些水浸黑點安裝了設有夜視功能的網絡數碼攝影機，以高解像視像監測河道重要位置的情況。由於引入各項先進的科技，把水位監測站於天氣惡劣時的平均故障率由二○○一年的17.4%大幅降至二○○四年的4.6%。
放大 與大學合作解決市區水浸
港島北由大坑至堅尼地城地區現有的排水渠已是數十年前興建。由於該地方多年來急促發展及土地用途的改變，使干諾道西、德輔道西、金鐘道、軒尼詩道、摩理臣山道及跑馬地等地區更容易受水浸影響。若在當區進行重建或加大現有排水系統的工程，必無可避免地須要開挖大量繁忙路面，並對公眾造成極大的滋擾。
雨水隧道的構思是將大坑至堅尼地城半山區一帶的雨水，經36個雨水渠入口進行截流。從上游入水口所截的雨水，將會被引入至一條深層隧道，然後送到香港島西面排放，以保護下游地區在大雨時免受水浸之苦。
大部份建議的入水口均位於綢密地方。為要確保入水口能有效地在這些狹窄地方收集大量高流速的雨水，我們委託顧問公司設計一個漩渦型入水口，並邀請香港大學進行水力模型測試及驗證其功效。
牛潭尾盆地水浸已成歷史
牛潭尾是新界的一個低窪低帶，亦是一個已知的水浸黑點。過往差不多每年也會發生嚴重水浸事件。以渠務署水浸黑點分類方法，該處亦被列為嚴重水浸黑點 (程度為嚴重)。而在過去二十年間，該區急促的發展導致天然土地蓄洪能力下降，地面徑流增加，令水浸問題惡化。
為解決水浸問題，我們於牛潭尾設計了一條新的排水道，將上游的洪水直接排放至新建造的一段錦田河。這排水道能應付二百年一遇的洪水。
在旱季的情況下，排水道內的流水較少。每當潮漲，由錦田河倒流至上游的河水會引致污染問題。因此，排水道下游設有一條尼龍壩，以及一個抽水站，幫助阻擋潮水。
牛潭尾主要排水道工程於一九九九年年底開始建造，並於二○○五年三月完成。牛潭尾的水浸問題現在已得到解決。