香港大部分地区已有适当的防洪保护，只是新界北部的天然洪泛平原和低洼地方仍会发生水浸。而且，一些如西九龙的旧区，由于多年前建造的系统排水能力不足，亦经常发生水浸。
为了解决水浸问题，渠务署在新界进行一系列总值达一百亿元的河道治理和乡村防洪抽水站工程，并在西九龙实施造价三十七亿元的市区雨水排放系统改善工程，以大幅度提高这些地区的排洪能力。自一九九七年，我们在新界北部地区完成约55公里的河道工程，并有24个乡村防洪抽水计划在运作当中，大大纾缓了新界北及新界西北的水浸情况。自一九九五年，我们在市区及郊区地方共消除了82个水浸黑点。
二○○四至○五年内发生的水浸事件
二○○四年全年共录得约1 739毫米的雨量纪录，比平均2 214毫米的降雨量低约21%。年内，黄色暴雨警告信号共悬挂过16次。而红色及黑色暴雨警告信号，只在二○○四年五月八日大雨当日早上各悬挂过一次，并影响九龙半岛西面地区。我们接获旺角及深水埗低洼地方的水浸报告，其时，西九龙雨水排放系统改善计划尚未完成。除此以外，没有在其它地方发生严重水浸事件。
随着改善工程第一及二期相继于二○○三年及二○○四年大致完成，西九龙水浸问题已陆续得到改善。尤其是于二○○四年年底，「大坑东地下蓄洪池」及「启德雨水转运计划」工程的完成，更是渠务署在解决西九龙地区水浸的重要成就。
二○○四至○五年度的进展
总值约二十亿元的防洪工程终于大致上完成。这些工程包括元朗横洲村的一个乡村防洪抽水计划、牛潭尾一段2.3公里长的排水道、西九龙共23公里长的雨水渠、大坑东一个容量达十万立方米的蓄洪池，以及由窝打老道至启德明渠的一条1.42公里长的雨水隧道。
为进一步解决水浸问题，政府现正积极进行一系列的大型雨水排放改善工程，以提高全港的防洪水平。建造中的工程包括在新界造价二十二亿元，以及在西九龙造价约七亿元的工程。此外，在新界、西九龙和其它易受水浸地区（例如东九龙、荃湾、港岛北部），另有造价六十三亿元的雨水排放系统改善工程，正于策划或设计阶段。这些主要雨水排放系统改善工程计划详载于附录A，而工程计划的施工地点则载于附录B。
减少水浸黑点
本署自一九九四年已找到超过一百个水浸黑点。这些黑点全部在我们严密的监察之下，而我们亦已采取改善措施以消除或减低水浸的风险。去年，我们已成功消除了10个水浸黑点。
市区的防洪工作
市区的防洪工程主要包括改善雨水排放网络，以便有效率地收集和输送雨水。在特别情况下，我们会利用创新的方法例如蓄洪池、抽水站或把洪水分流的方式，以缩减那些可能对交通造成滋扰或与地下公用设施相阻的工程范围。
在九龙市区，「西九龙雨水排放改善工程计划」第1及第2阶段的工程已分别于二○○三年六月及二○○四年十二月竣工。当中包括为油麻地、旺角、九龙塘、深水和荔枝角建造约33公里的雨水渠，和建造大坑东地下蓄洪池及由九龙塘至启德明渠的雨水转运隧道。而于第3阶段，建造约12公里雨水渠的工程现正进行中，并预计于二○○七年完成。我们现时亦正着手策划在荔枝角建造雨水转运计划，原因是该区一带受到上游的地面径流，以及九龙区水塘潜在溢流所造成的水浸风险影响。
我们亦就港岛北部和东九龙易受水浸地区策划造价26亿元的雨水排放改善工程。为减少挖掘渠坑对这些地方的居民及道路交通的滋扰，我们计划建造雨水排放隧道，把雨水从半山引到别的地方，以纾缓现时排水量不足的市区排水系统的压力。
新界的防洪工作
新界的防洪工程大致可分为两大类：计有兴建排水道收集和输送洪水入大海，以及建造乡村防洪抽水计划，以保护低洼地区的村落。
随着近年若干排水道完成，新界的水浸情况，特别是新界北部的罗湖、河上乡、燕岗和天平山，以及新界西北的天水围、元朗和锦田的水浸情况已有显著改善。以往狭窄多弯的天然河道一旦出现泛滥，新界的洪泛平原便不时会出现水深1至1.5米的水浸。现时在这些易受水浸地区成千上万的居民已得以免受水浸的威胁。
至于在洪泛平原内的低洼村落，我们已完成了24个乡村防洪抽水计划，使31条村落免受水浸威胁。现时居于超过240公顷低洼地区村落的3万居民已受到保护。
在新界北部，治理深圳河计划第3阶段工程及平原河修复计划进展顺利。当这两项雨水排放改善工程在二○○六年完成后，新界北部最后的一个严重性水浸黑点老鼠岭的水浸情况将可大为改善。
在新界西北，元朗排水绕道和新田东主排水道，以及大桥、水边村及米埔老围／米埔新村的三个乡村防洪抽水计划的建造工程均进展顺利。
我们现正着手策划在屯门、沙田、大埔、荃湾及大屿山等地区的排水系统的改善工程。
新系统为雨季作更好的准备
为了监测水浸情况及为排水系统水力模型提供数据数据，渠务署建立了一套洪泛监测系统。在这系统下，全港各区的河流及渠道设置了超过60个全自动水位测量站，全天候地不断监察实时的水位情况和收集雨量及潮汐等水文资料。现时大部分的水位测量站已利用超声波测量仪精确地量度河道水位，并实时把数据传送至渠务署的控制中心。利用这些实时的水位数据、视像动画及测量站操作状况数据，在控制中心当值的同事可分析洪水的趋势，并在有需要时通知包括警方及消防处等有关应急部门，动员各项应急的防洪措施。
渠务署在二○○二年透过与香港大学合作，引入一套名为MOSAIC II (Mobile Online Surveillance and Incident Controller, 流动在线监测及事故控制系统) 的遥测控制系统，把无线数据传输及控制技术应用于渠务署的洪泛监测系统及水位监测站。这个新的系统采用了GPRS (General Packet Radio Service通用分组无线通讯服务)的数据传输技术，把水文数据、数码照片及监测站操作数据加密，以比一般GSM流动电话快8倍的传输速度，传送回渠务署的控制中心，在当时来说算是亚洲及太平洋地区中的先行者。部分测量站更以太阳能电池驱动以利用可再生能源，并减低测量站的建造及运作成本。此外，渠务署在一些水浸黑点安装了设有夜视功能的网络数码摄影机，以高解像视像监测河道重要位置的情况。由于引入各项先进的科技，把水位监测站于天气恶劣时的平均故障率由二○○一年的17.4%大幅降至二○○四年的4.6%。
放大与大学合作解决市区水浸
港岛北由大坑至坚尼地城地区现有的排水渠已是数十年前兴建。由于该地方多年来急促发展及土地用途的改变，使干诺道西、德辅道西、金钟道、轩尼诗道、摩理臣山道及跑马地等地区更容易受水浸影响。若在当区进行重建或加大现有排水系统的工程，必无可避免地须要开挖大量繁忙路面，并对公众造成极大的滋扰。
雨水隧道的构思是将大坑至坚尼地城半山区一带的雨水，经36个雨水渠入口进行截流。从上游入水口所截的雨水，将会被引入至一条深层隧道，然后送到香港岛西面排放，以保护下游地区在大雨时免受水浸之苦。
大部份建议的入水口均位于绸密地方。为要确保入水口能有效地在这些狭窄地方收集大量高流速的雨水，我们委托顾问公司设计一个漩涡型入水口，并邀请香港大学进行水力模型测试及验证其功效。
牛潭尾盆地水浸已成历史
牛潭尾是新界的一个低洼低带，亦是一个已知的水浸黑点。过往差不多每年也会发生严重水浸事件。以渠务署水浸黑点分类方法，该处亦被列为严重水浸黑点 (程度为严重)。而在过去二十年间，该区急促的发展导致天然土地蓄洪能力下降，地面径流增加，令水浸问题恶化。
为解决水浸问题，我们于牛潭尾设计了一条新的排水道，将上游的洪水直接排放至新建造的一段锦田河。这排水道能应付二百年一遇的洪水。
在旱季的情况下，排水道内的流水较少。每当潮涨，由锦田河倒流至上游的河水会引致污染问题。因此，排水道下游设有一条尼龙坝，以及一个抽水站，帮助阻挡潮水。
牛潭尾主要排水道工程于一九九九年年底开始建造，并于二○○五年三月完成。牛潭尾的水浸问题现在已得到解决。