因應經濟下滑，政府曾在2002/03年度及2003/04年度減少排污費及工商業污水附加費，以減輕市民及工商業的負擔。

在2002/03年度，住宅及非住宅登記用戶將在12個月期間獲分別減少排污費不超過200元和800元的款額；而工商業污水附加費亦獲調低三成。

在2003/04年度，於2003年8月至11月四個月期間發出的帳單，住宅及非住宅登記用戶將分別獲減少排污費不超過 67元和533元的款額；而 工商業污水附加費亦獲調低六成。